COMUNICACIÓN POSTER
AUTORES
Quintáns Castro, Beatriz 1; Cacheiro , P. 2; Ordóñez-Ugalde , A. 2; Bettencourt , C. 3; García-Estévez , D. 4; Grandas , F. 5; Pascual , S.I. 6; Arpa , J. 6; Pardo , J. 7; Sanz , I. 6; Carracedo , A. 2; Sobrido , M. J. 2
CENTROS
1. Servicio de Neurogenética. Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica; 2. Grupo de Medicina Xenómica. Instituto Investigación Sanitaria de Santiago (IDIS) y CIBERER; 3. Servicio: Department of Molecular Neuroscience. UCL Institute of Neurology, London; 4. Servicio de Neurología. Hospital Comarcal de Monforte; 5. Unidad de Trastornos del Movimiento. Instituto Investigación Sanitaria Gregorio Marañón; 6. Servicio de Neurología. Hospital Universitario La Paz; 7. Servicio de Neurología. Hospital Clínico Universitario de Santiago de Compostela
OBJETIVOS
La paraparesia espástica hereditaria (PEF) es un trastorno neurodegenerativo genéticamente heterogéneo, por lo que es oportuno su abordaje por ultrasecuenciación. SPG4, el gen más frecuente en casos de herencia dominante, presenta deleciones/duplicaciones exónicas (CNVs) en el 25% de los casos. Mientras que mutaciones puntuales y pequeños indels son generalmente detectados por ultrasecuenciación, la identificación de alteraciones de dosis génica empleando paneles de genes necesita ser evaluada para su aplicación clínica.
MATERIAL Y MÉTODOS
Se diseñó un panel de 30 genes causantes de PEF (plataforma SOLiD5500xl®) incluyendo los 17 exones de SPAST(SPG4). Análisis bioinformático para detección de CNVs mediante el paquete de R ExomeDepth basado en las diferencias en la cobertura entre caso/referencia. Se secuenciaron en total 76 muestras, incluyendo 5 con deleciones identificadas por MLPA afectando a 16 exones (delEX2-17), 15 (del3-17), 7 (delEX10-16), 6 (delEX2-7) y 5 (delEX13-17).
RESULTADOS
Se obtuvo buena cobertura media en todos los exones de SPAST excepto el exón 1. Se identificaron correctamente las 3 deleciones mayores mediante el ExomeDepth. La deleción de 6 exones con un nivel de significación menor y la más pequeña (5 exones) no detectada.
CONCLUSIONES
Aunque se han implementado numerosos algoritmos para la detección de CNVs por comparación de cobertura mediante secuenciación de exoma completo, esta metodología también puede ser utilizada en la secuenciación de paneles de genes. El número de los exones delecionados y la cobertura obtenida son parámetros críticos que influyen en la sensibilidad de detección de la deleción. Agradecimientos: Instituto de Salud Carlos III, España (PS09/0183-PS09/00839-PS09/01685), FCT, Portugal (PTDC/SAU-GMG/098305/2008).
